// 최근 글 순으로 게시물 뽑음
for( $i = 0; $i < sizeof($id); $i++){
$query = "select * from ".$t_board."_".$id[$i]." where is_secret=0 and reg_date > $cut_time order by no desc limit $num";

저부분에서...
$query = "select * from ".$t_board."_".$id[$i]." where is_secret=0 and reg_date > $cut_time order by no desc limit $num";

를...

$query = "select * from ".$t_board."_".$id[$i]." where is_secret=0 order by rand() limit $num";
이렇게 수정하면 될듯도 싶네요.

단일게시판에선 가능한데...멀티에서도 될거같긴 한데...^^
제대로 하려면 소스를 좀 더 뜯어봐야 하는데... 일단 해보세요. 될거 같습니다만...

아~~
그리고 저게 답글도 같이 뽑아오는 건가요? 카테고리도?
그러면...좀 문제가 있을수도 있을거 같고...^^
암튼 게시물은 저런식으로 수정하면 랜덤으로 출력이 됩니다.
답글같은 다른 부분이 안되면 소스를 어떻게 구성했는지 좀 뜯어봐야 답이 나오겠네요.