저건...체크박스에 체크를 하면 쿠키를 생성해서 그 값이 존재하는지 않하는지에 따라서 팝업을 열고 안열고 하는거거든요.
포워딩과는 별 상관이 없는 작업이라고 생각하는데...좀 이상하네요.
소스가 제대로 됐다면 포워딩과 별개로 동작을 할텐데...

소스에서 메인페이지에 들어가는...
function setCookie( name, value, expiredays )
{
var todayDate = new Date();
todayDate.setDate( todayDate.getDate() + expiredays );
document.cookie = name + "=" + escape( value ) + "; path=/; expires=" + todayDate.toGMTString() + ";"
}

이부분은 불필요합니다. 쿠키는 팝업창에서 생성을 하거나 하니까요.
저부분은 삭제하시고...

팝업창에 들어가는 소스를 아래처럼...

function setCookie( name, value, expiredays )
{
var todayDate = new Date();
var domain = "youngjoo-church.org";
todayDate.setDate(todayDate.getDate() + expiredays);
document.cookie = name + "=" + escape(value) + "; path=/; domain=" + domain + "; expires=" + todayDate.toGMTString() + ";"
}

바꿔보세요.
var domain = "youngjoo-church.org";
이부분을 포워딩 되기전의 주소로도 해보시구요...
별상관은 없을거 같지만...^^

정리하자면...메인창에서 셋쿠키 함수는 삭제하시고, 팝업창에서 위처럼 수정...