저는 자바스크립트를 잘 못해서 구현은 못하겠지만요...
페이지 불러올때 서버시간 값을 PHP로 불러온 후에, 그 시간을 이용해서 자바스크립트로 1초 2초씩 늘려나가는...

javascript에서 시간은 Date object를 사용합니다. Date object의 생성방법에는 인수를 주는 방법도 있죠.
꼭 서버의 시간을 받아와서 보여줘야 한다면 Date object를 생성할때 서버에서 생성한 시간을 넣어주면 되겠죠.
자바스크립트 매뉴얼에서 Date Object를 찾아보시기 바랍니다.
참고로 Date object는 다음과 같이 생성될 수 있습니다.
new Date("Month dd, yyyy hh:mm:ss")
new Date("Month dd, yyyy")
new Date(yy, mm, dd, hh, mm, ss)
new Date(yy,mm,dd)
new Date(milliseconds)
new Date() //이 경우는 GMT시간이 세팅