단순히 저런경우라면 무작위 배열을 쓰는게 낫지 않을까요.
줄바꿈이 있으므로

파일 읽기 --> 줄바꿈 단위로 explode --> explode로 인해 자동 배열 저장된것의 크기 구함 --> loop시작 -->
loop 돌면서 |로 explode --> 2번째 explode값에서 배열생성(인덱스 지정)

$fp = fopen('list.cgi','r');
$f_size = file_size($fp);
$f_list = fgets($fp,$f_size);

$cgi_ex = explode("\n",$f_list);
$cgi_len = sizeof($cgi_ex);
for ($loop = 0;$loop < $cgi_len;$loop++) {
$tar_arr = explode("|",$cgi_ex[$loop]);
$tar_index1 = $tar_arr[0];
$tar_index2 = $tar_arr[1];
$new_arr[$tar_index1] = $tar_index2;
}
머릿속에서만 생각한거라 될지 안될지는 모르겠군요.-__

배열입력될떄 (10=>"바",6=>"오") 이런식으로 지정되는건데요..음

정렬부분은 phpschool의 팁앤테크란에 asort로 검색하시면 나올듯 하네요.