음 저도 같은 현상이 나타나 버그신고란에 올려놓았습니다.
저는 일단 급한대로 DB를 직접 건드려 해결했습니다.

DB에 menu_item이란 테이블이 있습니다.
그 menu_item 에 group_srls 필드가 있는데 관리자만 볼수있는 메뉴는 이곳에 1로 기록이 되여있더라구요.
저장된 값은 제 경우만인지는 잘 모르겠습니다. 
하여튼 group_srls필드에 값이 기록 됩니다.
이 값을 지우고 메뉴관리로 돌아와서 캐쉬재생성을 크릭하니깐 트리에 나타나더라구요.

일단 이렇게해서 보이게 한 후 수정을 하고 최종적으로 다시 관리그룹만 보이도록 했습니다.
그러니깐 다시 메뉴트리에 안 나타나네요...
버그면 수정이 될 것이고, 그전까지는 귀찮아도 이렇게 수정해가면서 써야겠네요

저기--
제 글을 보시고 해보신후 처리가 되던지 안되던지 여기에 결과를 좀 알려주세요.
제가 처리한게 맞는지 알고싶어서요.
이거 뭐 다들 xe가 첨이라 ^^