아마 검색해보셔두 많이 나올듯 한 글인데요.
간단히 설명드리면.

메인페이지 제일 상단에 쿠키를 체크해줍니다.
<?php
if(!$_COOKIE['쿠키명']) {
$time_stamp = time() + (3600*24);
setcookie("쿠키명",1,$time_stamp);
}
?>

위의 내용은 쿠키명 이란 쿠키값이 있는 지 체크를 해서 없으면 쿠키값을 설정해 주는 부분이 되겠습니다.

다음으로 플레시를 보여줄 부분에 다음과 같이 하시면 되겠습니다.
<?
if(!$_COOKIE['쿠키명']) {
echo"<embed></embed>";
}
?>

위의 부분은 쿠키값을 체크해서 쿠키명이란 쿠키값이 없으면 임베드 시킨다는 내용이 되겠습니다.
쿠키 설정에서 3600*24 로 했으니 24시간동안 쿠키값이 살아있으므로 24시간이 지난후에 다시 보여집니다. 시간은 수정하시면 되겠습니다.

자바스크립트로도 쿠키를 설정할 수 있으니 자바스크립트쪽을 검색해 보셔도 되겠습니다.