빗방울님께서 윈도우이실것 같고, 서버가 윈도우가 아닌 계열의 운영체제라면, 바이러스에 걸리지 않습니다.

바이러스에 의한 파일 변조가 일어나지 않으면(변조가 되버리면,, 올려도 꽝이겠죠 상식적으로), 그리 문제되지 않습니다.

또 32bit 환경에서 제작된 파일이 바이러스(바이러스 역시 32bit겠죠)에 걸려도, 만일 서버가 64(운영체제 불문하고) 환경 서버라면, 이것또한 바이러스는 활동하지 못합니다.(최근에 64bit 환경에서 작동하는 바이러스가 나왔지만, 이것역시 역으로 생각하면 32bit 환경에서는 활동하지 못합니다.)

그럴수도 있어요.. 저도.. 한 바이러스에 걸렸는데 증상이 컴터에 모든 htm , html , php ,jsp , asp 확장자 파일에 바이러스를 걸리게 하는 vbscript를 끼워넣는거입니다..
혹시 바이러스 걸리고나서 ... 홈페이지 수정을 하셨다면... 수정한 파일 봐야겠네요..