원인은 아래 질문 내용 가운데 "해상도에 따라 레이어위치관련 질문입니다."와 동일한 이유입니다.

본문을 center 정렬할때 레이어를 사용하면 발생하는데,
가장 손쉬운 해결 방법은 본문을 왼쪽정렬(기본값)을 사용해서 제작하시거나,
메뉴를 플래시로 제작하면 해상도와 관계없이 메뉴위치가 바뀌지 않습니다.

그러나 굳이 플래시 사용을 하지 않고 본문을 center 정렬 해야 한다면,
메뉴를 별도의 페이지로 만든 후 링크시키시거나,
또는 table 안에 서브 메뉴가 들어갈 각각의 td를 만든 후 td 안에 레어어를 삽입하면 되는데 이때 레이어의 position을 relative로 하면 됩니다.

홈페이지가 틀어진다는게 정확히 어떤 경우에 틀어지나요?
지금 링크하신 홈페이지에서는 서브메뉴 외에는 이상한 점이 안보이는데...

만약 게시판에 그림파일 같은걸 올렸을때, 테이블 가로폭보다 그림 가로폭이 커서 테이블이 깨지는 문제라면 게시판을 불러오는 테이블에서 아래와 같이 style="table-layout:fixed"를 추가해 보세요

<table width="600" height="100%" border="0" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" style="table-layout:fixed">

일그러진다는게 정확히 어떤 상황인지 모르겠네요...
혹시 파이어폭스 사용할 때 발생하는 문제인가요?
파이어폭스 문제라면 웹표준을 준수해서 코딩하지 않으면 익스와는 다르게 보이게됩니다.

다른 문제라면 캡쳐해 보시거나 자세한 설명이 있어야 다른 분들이 답변하기 용이하겠네요...^^;

참고로 플래시 테두리 점선문제 해결 안하셨네요... 아래 링크 참고하세요.
http://www.nzeo.com/bbs/zboard.php?id=p_javascript&page=1&sn1=&divpage=1&sn=off&ss=on&sc=off&keyword=점선&select_arrange=headnum&desc=asc&no=795