전 프로그래밍은 잘모르지만 제로보드XE 를 쓰고 있어서 한마디 답변하자면
1. 회원가입 기능얘긴 일단 게시판(각카페) 마다 회원가입이 개별적으로 할수 있는지 말씀하시는것 같은데
   안됩니다 ㅡㅡ  되려면 프로그램을 다시 짜야할듯 (제생각) 회원은 하나의 홈페이지 회원관리에서 통합적으로만 관리합니다.
   그러나 비슷한 기능은 쓸수 있습니다.
   제로보드 관리자 페이지에 menu 메뉴를 보시면 각 메뉴마다 엑세스 그룹을 설정하실수 있는데, 회원관리시에
   그룹별로 나누어 저장시키고, 각그룹별로 엑세스권한을 체크해주시면 , 체크한 그룹들만 그메뉴를 볼수 있습니다.
   물론 이건 접근을 아예방지 하는것이 아닌 보이지 않는것 뿐입니다. 게시판모듈을 직접 주소창에써서 들어간다면
   막을수 없습니다.

2.  하나의 블로그에 여러개 카페, 각카페 관리자가 회원들을 관리한다는건 1번에서 각 그룹마다 관리자를 한명씩 정해주시면
     할수 있을듯. (최고권한부여)  그러나 맹점은 관리자들은 모두 최고권한 (마스터아이디를 삭제할수없는것 제외) 을 가지기때문에
     관리자들은 아무메뉴, 아무게시판이나 다 들어가서 글을 열람, 수정, 삭제 까지 모두 가능합니다.

3. 가입한 회원만 그 카페에 글을 올릴수도 있다는건 게시판 권한설정으로 가능합니다.