전문가는 아니지만 알고 있는 부분을 간단히 말씀드리겠습니다.
먼저 ftp 업로드라는 과정은 작업자가 원하는 file들을 서버에 보관하기 위한 것이기 때문에
서버 컴퓨터를 직접 소유하고 계시다면, ftp 이외의 가능한 방법으로 file들을 올리시면 됩니다.
윈도우에 RWAPM을 설치해서 사용중이신 것 같으니 단순히 윈도우 폴더 공유나 USB 기기등으로
전송하시면 됩니다. 문제는 RWAPM의 기본 home 폴더로 전송하시면 되는데,
RWAPM을 써보지 못해서 기본 home 폴더가 어디인지는 모르겠네요.
(RWAPM.com 사이트에서 확인하려고해도 사용시간이 아니라고 접속이 안되네요)

그리고 도메인 관련해서 기초적인 설명만 드리면
도메인을 받으셨다는 것은 서버 컴퓨터에 ip가 부여되어 있는 것 같은데,
간단하게 생각해서 해당 컴퓨터에 ip라는 고유 번호를 부여받고
그 ip 활용을 편리하게 하기 위해 도메인 네임을 받는 것이라고 보시면 될 것 같습니다.
따라서 ftp server든지 web server 든지 아니면 db server라든지
도메인 부여와 상관없이 서버 컴퓨터에서 구축되어 있어야 쓸 수 있는 것입니다.

만일 ftp를 꼭 쓰고 싶으시면 서버 컴퓨터에 ftp server를 설치하신 후에
계정을 생성해서 쓰시면 됩니다.

그러니까 간단하게 애기해서 학교 전산부서에서 별도 ftp 계정을 받는 것이 아니라
소유하고 계신 실험실 서버 컴퓨터에서 모든 것을 처리하시면 됩니다.

저처럼 개인 소유의 서버가 없는 사람들은 업체에서 서버 컴퓨터의 공간이나 db 공간을 빌려서
사용하기 때문에 이 업체의 서버로 연결하기 위해서 ftp나 ssh, telnet 등을 이용하는 겁니다.