너무 막연한 질문이라서 답변하기가 좀 그러네요.

단순히 자르기를 한다면 좌측 툴박스에서 '크롭툴'을 찾아 자르면 됩니다.

하지만 올려진 질문으로 보아서는 이렇게는 안될 것 같네요.

애초에 제작을 할 때 사이즈같은 것을 모두 감안해서 제작을 한다면 헤더와 푸터 모두 레이어를 따로 만들어서 제작을 하는 것이 좋았을 것 같구요.

어쨌거나 그냥 단순히 자르기만 한다면 위의 크롭툴을 이용하면 됩니다.

정밀한 작업을 원한다면 좀더 숙련된 노하우가 필요하겠지만...

좋은 결과 보시기 바랍니다.

Photoshop이 CS version으로 넘어오고 나서는 guides로 나누는 작업이 Photoshop으로 통합되었죠.

이미지를 열고 나서 Rulers가 보이는 상태에서  Rectanguler Marguee Tool로 이미지 위에 guides 를 만듭니다.

그런 다음 save for web으로 저장할때 옵션에 보면 HTML & IMAGES가 있을 겁니다. 

이 옵션을 선택하고 저장하면 guides 선으로 나눈 이미지와 HTML이 만들어집니다.

주의할 점은 저장할 위치의 폴더 내에 다른 image 폴더가 있으면 저장할때 덮어쓰기 되기 때문에 주의가 필요합니다.