저와 동일한 증상이시네요.

저도 포기하고 플래시를 그냥 아래로 내려 버렸습니다.

해결답변을 못찾겠더라구요.

http://salesoft.co.kr/

원론적인 답변이지만 참고해 보시기 바랍니다.

CSS의 속성 중에 'z-index'라고 있습니다.
이것은 원래 어떤 요소의 절대 위치를 정할 때, 중첩되는 것의 나타나는 순위를 정하는데 사용되는 속성인데
지금 같은 경우에도 적용이 되는 것으로 알고 있습니다.

'z-index'는 0,1,2,3...으로 값을 지정하는데, 수가 클수록 상위에 나타납니다.
따라서 프래시 파일을 지정하는 소스 코드에 style="z-index:0;"을,
로그인 창 전체 레이아웃에 style="z-index:1;"을 주게 되면, 원하시는 결과를 얻을 수 있을 것으로 보입니다.

http://salesoft.co.kr/의 경우, 소스코드에서 로그인 창이 시작되는 부분 

<div id="loginWindow" class="loginWindow">을

<div id="loginWindow" class="loginWindow" style="z-index:1;">으로 바꾸고

프래시 시작 부분인

<object .... height="261" width="807">을
<object .... height="261" width="807" style="z-index:0;">으로 바꾸면,

로그인 창이 위에 뜰 것으로 생각됩니다만,

제가 직접 해보지 않아 확신할 수는 없군요.