매우 간단한 것 같네요.

알 FTP를 쓰지 마시고 파일질라로 업로드해보세요.

이례적으로 utf파일이 변형되서 올라가는 경우가 종종있어서

만약 전체적으로 그런다 싶다면 모듈선택기, 페이지수정 등등 자바스크립트 오류가 나면 코어전체를 받고, (보통 common폴더속 js파일만하면되긴하는데, 그외 위젯 js파일이라든지 공통 파일들 문제가 생길 수 있으니, 그점을 해결하고싶다면)

파일질라로 업로드해서 하기 바래요.

tar로 압축푸는 방법도 좋은 방법입니다.오히려 더 낳을 수 있구요!