충돌 가능성이라기 보다는 유지관리가 문제가 될 듯 싶네요. 충돌 부분이야 개발 시 지속적인 테스트를 거치면 줄어들 것이지만, 유지관리는 별개이니까요.

예전에 기존 시스템에 XE를 연동해서 운영 관리하는 곳을 본 적이 있습니다만, 속도저하나 기타 문제에 있어서는 없지만 XE Core 기본 소스들을 건드리다보니 유지관리에 있어서 좀 난감하다고 하더군요. 작업 했던 사람이 변경 기록을 남기지 않으면 Core 업데이트 때 모두 날라가 버리는 경우도 있으니...

그나저나 기존에 있는 시스템에는 관리자 페이지가 없나요? 기존 회원 DB나 게시판 등을 모두 XE로 마이그레이션 하는 것이 아니고 기존에 있는 시스템에 대해 잘 알고 계신 것이라면 차라리 기존 시스템에 관리자 페이지를 만드심이 나으실 듯 싶습니다.

한번 심사숙고 해 보시길.. 여담이지만 제가 있는 회사는 기존 시스템을 폐기하고 XE로 모두 마이그레이션 하기로 결정했기 때문에 그 부분에 있어 현재 기술적인 부분을 해결중입니다(덕분에 쉬는 날이 없지만요;;). 마이그레이션 한 다고 해도 DB 구조나 이런 것들을 모두 고려하고 한 두개가 아닙니다.