댓글을 누구나 달수 있는 자체가 익명권한이 설정된것 이라 간단하게 if문 추가로 적용할 수 있는 방법을 적어드리겠습니다.

기본 게시판 스킨을 예로 들자면..
comment.html 내부에 "replyOption" 클래스를 가진 div가 있습니다.
그안에 아래와 같은 "댓글에 댓글"을 달수 있는 링크가 있는데 이것을 if문으로 감싸 주시면 됩니다.

원본
<a href="{getUrl('act','dispBoardReplyComment','comment_srl',$comment->comment_srl)}"><img src="./images/{$module_info->colorset}/buttonReply.gif" alt="{$lang->cmd_reply}" width="20" height="17" /></a> 

if문 삽입 후
<!--@end-->

if문 조건은 "로그인한 사용자"입니다. 즉 로그인한 회원만 댓글에 댓글을 달수 있습니다.
위에서 말한 것 처럼 이미 댓글에 대한 권한이 "누구나"로 설정되어 있어 $grant->write 로 권한을 설정할 수가 없습니다.
따라서 위와 같은 if구문으로만 적용하시려면 "관리자 그룹"이거나"로그인 유저" 둘중 하나를 선택해야 합니다.
$is_logged  -  로그인한 유저
$grant->manage  -  관리자 그룹