밤새 해본 작업 결과로 저 스스로도 답변을 달아봅니다.

Q1. files 디렉토리의 내용을 지워야 할 것으로 판단됩니다.
예를 들자면, files 디렉토리를 지우지 않은 상태에서 DB와 PHP들을 지우고 새로 파일을 밀어넣고서 브라우져로 첫 설치 화면을 접근하면 "동의 설치" 화면이 나오지 않고 "해당 모듈을 찾을 수 없다"는 식의 에러 화면이 뜹니다.
그렇게 접근한 순간 DB도 두개정도가 새로 생기는 등의 사태가 발생하므로 다시 DB와 PHP들을 다 지우고 files까지 다 지우고 다시 파일을 밀어넣고 재설치를 진행해야만 제대로 설치가 되는 상황을 경험했습니다.
남의 서버에서 호스팅을 받는 경우, 그리고 유닉스 커맨드에 익숙치 않은 경우에는 files 폴더의 소유주가 nobody이므로 삭제를 할 수 없어서 난감할 때가 있는데, 이름을 바꾸는 것은 가능할 수 있으니 [mv files files_bak2] 등의 명령어로 rename해버리고 재설치 시도를 진행할 수 있었습니다.

Q2. 호기심에 대략적인 테스트를 해봤는데, php 파일들도 다 지워야 재설치가 원활히 진행되는 것으로 파악됩니다.
ftp 프로그램으로 접속한 상태로 파일들을 지우시는 분들 계신데, 이렇게 하면 작업 너무 느립니다. 빠른 작업을 위해서는 텔넷 접속하여 명령어로 지우시길 권장드립니다. (명령어를 모른다면 잘 아는 분께 묻거나 부탁해서...)

Q3. DB는 다 안지워도 되는 것 같긴 한데, 다른 답변 주신분들 말마따나 그래도 찝찝하고, 지우는게 어려운게 아니니 지우고 보자는 주의로 가게 되었습니다.

참고로, 제가 재설치 실패로 고생을 했던 근본적인 이유는 xe 디렉토리(폴더)가 아닌 public_html등의 루트에 설치하려고 하면서 public_html 디렉토리의 속성을 755로 열지 않고 작업을 하여 설치 마지막 화면에서 "The result is not a valid XML" 에러가 발생했던 것이었습니다.