크롬용 css를 미리 만들어 놓고
css 불러오는 곳에
<!--@ if(preg_match("/chrome/i", getenv('HTTP_USER_AGENT')))-->
크롬용 css 불러오기 
<!--@ else-->
기존의 css 불러오기
<!--@ end-->
이렇게 하면 되지 않을까요.......

위에 잘 답변되었는데, <!--@ 이 문법은 XE레이아웃 파일에서 사용 가능합니다. 다시 말하자면, php엔진이 있어야 적용되는 구문일 것입니다.
참고가 되실까 하여, 한가지 더 말씀드리자면, IE 브라우저 수준에서 지원되는 변태 분기법도 있는데, 다음과 같습니다.
<!--[if IE]>
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="all-ie-only.css" />
<![endif]-->
<!--[if !IE]><!-->
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="not-ie.css" />
<!--<![endif]-->
이러한 변태 태그는 안쓰는 것이 좋습니다만, 피할 수 없다면 아래 사이트 같은거 참고해보세요.
http://css-tricks.com/132-how-to-create-an-ie-only-stylesheet/