검색을 해 보았는데 저와 비슷한 사례는 발견을 아직 못했네요.;;
레이아웃을 변경한 다음 적용하기 위해서 다음과 같은 시도를 해보았습니다.

1. FTP에 레이아웃 업로드 -> 관리자 페이지에서 레이아웃 등록 -> 게시판 적용
2. 레이아웃 파일 수정해서 FTP 업로드
3. 관리자 페이지에서 레이아웃 수정 들어가서 '초기화' 후 '저장'
4. 변경 내용 적용 안됨

그러던 와중 다음과 같은 문제도 발견했습니다

1. 관리자 페이지에서 레이아웃 내용 수정
2. 저장 -> 저장되었다는 안내 메시지 뜸
3. 그런데 이전 내용으로 되돌아가 있음

혹시 퍼미션이 문제인가 싶어서 보았는데 퍼미션 문제도 아닌 것 같구요... 전부 777로 맞췄는데도 수정이 반영이 안되네요.
현재 다음과 같이 해결하고 있습니다

1. 레이아웃 삭제
2. 파일 업로드 후 FTP에서 폴더명 변경
3. 레이아웃 재등록. (같은 이름으로 등록하면 이전 상태가 그대로 반영됩니다)

같은 이름일 경우 이전 내용이 그대로 복원되는 걸로 보아서 뭔가 캐시를 이용하는 것 같기도 한데... 잘 모르겠네요.
해결책 아시는 분은 도와주세요. 부탁드립니다.