네 그렇게 하면 됩니다만...
만일 비로그인자가 홈페이지를 입력하고 댓글을 달면
또 번호가 안나타날 겁니다.
그래서

      <!--@ if(!$comment->member_srl)-->
<!--@ foreach($no as $k => $v)--> <!--@ if($v==$comment->variables[regdate])--> {@ $k += 1} <!--@ end--> <!--@ end-->
       <!--@ if($comment->homepage)-->
        {$k}<a href="{$comment->homepage}" onclick="window.open(this.href);return false;">{$comment->getNickName()}</a>
       <!--@ else-->
        {$k}{$comment->getNickName()}
       <!--@ end-->
      <!--@ else-->
<!--@ foreach($no as $k => $v)--> <!--@ if($v==$comment->variables[regdate])--> {@ $k += 1}{$k} <!--@ end--> <!--@ end-->
       <a href="#popup_menu_area" class="member_{$comment->member_srl}" onclick="return false">{$comment->getNickName()}</a>
      <!--@ end-->

붉은 색이 비로그인 댓글이 홈페이지 입력 유무와 상관없이 번호가 나오게 하기 위해 추가
파란색이 로그인 댓글 번호.....

닉네임 뒤에 번호를 넣을 건지 앞에 넣을 건지는 원하는 대로 바꾸시면 됩니다.