검색하다가
http://www.xpressengine.com/19792345의 글을보고 해결책을 찾았습니다.
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저도 똑같은 문제로 잠시 당황했었는데...
없어진 필드 3개를 추가로 만들어 넣었더니 해결되더군요.

is_secret, allow_comment, lock_comment 이 세 가지가
document 테이블에 들어가야 할 필드입니다.

다만, phpmyadmin 등으로 DB를 직접 조작할 수 있어야 되겠지요.
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이 댓글의 내용을 보고 mysql 콘솔작업을 해보았습니다.
apmsetup으로 늘 GUI만 보고 편하게 하다가 이런날이 올줄 몰랐네요.
아무튼 작업하면서 mysql 기본적인 명령정도는 익혀둬야겠다는 생각이 듭니다.

본론으로 들어가서 일단 MYSQL접속을 해야겠지요.
프롬프트> mysql -u 아이디 -p패스워드
이렇게 바로 해당 DB계정으로 접속합니다.
접속후
mysql> 프롬프트로 바뀝니다.

mysql>show databases;
로 먼저 db확인하고 나오는 db에서
원하는 db가 nzeo 라면

mysql>use nzeo
를 하여 nzeo db를 선택합니다.

자 이제 테이블 확인을 위해
mysql>show tables;
를 해주면 xe_ 붙은 테이블들이 쫙나옵니다.
우리는 여기서 xe_documents 테이블에 위 세가지
is_secret, allow_comment, lock_comment 를 추가하여 주어야 하므로 다음과 같이 작업합니다.

mysql>alter table xe_documents add is_secret char(1);
mysql>alter table xe_documents add allow_comment char(1);
mysql>alter table xe_documents add lock_comment char(1);

이렇게 해주면 됩니다.
그리고 각각에 대해 기본값을 지정해줘야 하는데 1.4.5.9의 기본값을 보니 순서대로 N,Y,N 입니다.
이 값은 뒤에 명령어를 어떻게 줄지 몰라서 phpmyadmin 접속해서 xe_documents 에 가서 구조부분에서 as_defined 로 변경해줬습니다.
그리고 각각의 NULL 값은 체크 해제 하여 "아니오"로 변경.

다시 해보니 위 작업을 phpmyadmin에서도 쉽게 할수 있네요 . 간단히 위치만 알면 됩니다.