많은 사이트들이 말씀하신대로 웹 루트 경로에 설치하고 사용중입니다. 문제 없다고 생각됩니다.

저같은 경우는 /var/www/html/xe  이렇게 설치되어 있구요.  홈페이지주소/xe  이렇게 입력해야 홈페이지로 들어가서

이 문제를 해결하기 위해 (  그량 홈페이지 주소만 치면 들어가도록)

/var/www/html   즉  홈페이지 최상위에  index.php  파일을 하나 만들고   기존 index.php파일이 있다면 이름을  _index.php 라고 바꾸고

이 파일안에 다음과 같이 써주었어요.  내용은 비어있고 그냥 이렇게

<script> this.location.replace('xe/index.php');</script>

그랬더니 귀신같이 홈페이지 주소만 쳐도 들어가네요.  해결했어요.