익스플로러9을 사용 안해서 모르겠지만 제 경우에 브라우져별로 레이아웃 따로 노는 문제는

그 메뉴에 jquery가 적용되어 있을 때 그렇더군요

익스플로러8에서는 정상 작동 되구요. 홈페이지 코드상

IE9 동일, 이상에서만 적용되는 제이 쿼리가 따로 지정되어 있지 않네요 코어 구버젼을 사용하시는거 같은데

아래 코드를 레이아웃 헤더부분에 넣어보세요

<!--[if lt IE 9]><script src="//ajax.aspnetcdn.com/ajax/jquery/jquery-1.11.0.min.js"></script>
<![endif]--><!--[if gte IE 9]><!--><script src="//ajax.aspnetcdn.com/ajax/jquery/jquery-2.0.3.min.js"></script>
<![endif]--><script src="//ajax.aspnetcdn.com/ajax/jquery.migrate/jquery-migrate-1.2.1.min.js"></script><!--[if lt IE 9]><script src="/common/js/html5.js"></script><![endif]-->