모듈 건드리기는 뭣하고,  게시판 스킨에서 대댓글 버튼을 옵션화 시키는 방법이 빠를 듯 싶습니다.

게시판 comment.html 에서 대댓글 버튼 부분에 cond="$module_info->recomment=='Y'" 을 넣어두고 

skin.xml 에서

<var name="recomment" type="select">

            <title xml:lang="ko">대댓글</title>

            <description xml:lang="ko">

대댓글 허용여부

</description>

            <options value="N">

                <title xml:lang="ko">허용하지 않음</title>

            </options>

            <options value="Y">

                <title xml:lang="ko">허용</title>

            </options>

        </var>

정도만 처리하셔도 될 것 같습니다.