질문이 모호합니다. 그리고 고정포워딩인지 유동포워딩인지 a레코드 연결인지에 따라 또 다를 수 있습니다. 일단 a레코드나 cname으로 연결하셨다 가정하고 설명하겠습니다.

일단 도메인이 다르면 다른 사이트로 인식 하는 것이라고 보시면 됩니다.

관리자 페이지 > 설정 > 일반 >고급의 기본 url이 a도메인으로 되어 있으면, b도메인으로 접속하더라도 메뉴나 관리자페이지 링크는 모두 a사이트를 가리키고 있습니다. 

처음 접속한 b도메인으로 로긴되어 있으나 메뉴등을 클릭하면 a사이트 링크로 연결되어 로긴이 안된 것으로 나오는 겁니다.

이를 해결하려면

1. a로 접속하면 계속 a로, b로 접속하면 계속 b로

2. a,b어느것으로 접속하든지 처음부터 a로 연결

두가지 방법이 있습니다.

1. 같은 사이트에 2개의 도메인을 쓰면서 메뉴링크나 로긴에도 접속한 도메인을 계속 유지하고 싶다면, 

files/db.config.php 26줄 에서 아래와 같이 수정하시면 됩니다.

'default_url' => "http://".$_SERVER["HTTP_HOST"]."/",

http://www.xpressengine.com/tip/22398014

2. 방문유저가 a로 접속하든 b로 접속하든 최종적으로 a도메인만으로 연결되게 하고 싶으면, 

.htaccess 파일에서 redirect하면 됩니다.

# rediection
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(a\.com|b\.com|www\.b\.com) [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.a.com/$1 [L,R=301]