box-sizing 만 신경써서 정의해 주면 큰 문제는 없지 않을가 싶습니다.

reset.css같은 것으로 부트스트랩 영향을 받을만한 엘리먼트의 스타일 속성을 초기화해주면 됩니다. 컨텐츠 영역이 영향을 받는다면 .contentarea p{margin:0;padding:0} 이런 식으로 해주면 레이아웃과 충돌도 없으면서 스킨도 스킨대로 보여지게 되겠죠.

다만 css 로드 순서를 좀 신경써줘야합니다. 레이아웃 css야 head부분에서 먼저 불러오니 상관이 없는데 스킨의 디자인css보다 reset.css를 먼저 불러와줘야 겠죠. 뭐 배치문제니까 어려운건 아니겠습니다.

부트스트랩 정~말 싫어합니다.

특히 레이아웃에서 사용할경우 거의 모든 프로그램에 영향을 미치므로

절대적으로 사용해서는 안된다고 생각합니다.

근본적인 해결방법은 부트스트랩에서 prefix를 붙이는 방법밖에 없을것 같은데요.

해외에서도 이러한 내용으로 이슈들이 많고 또한 해결방법이 있는것으로 알고있는데

너무 싫어해서 찾아보진 않았습니다.

부트스트랩 애증의 부트스트랩... 노답..ㅠㅠ

less 나 sass를 통해 namespce를 적용하고

부트스트랩을 사용후 콘텐츠가 들어갈 부분에 다시 normalize.css(xe.min.css)를 적용하면 어떨까요?

<div class="bootstrap-namespace">

   <div class="bootstrap-decoration">

   </div>

   <div class="normalize-xe">

   </div>

</div>