사이트를 어떻게 작업했느냐에 따라서 다릅니다.

폴더 바꿔도 상관없을거 같긴한데.. 문제가 있다면

어쩔수 없이 index 폴더에서 iframe으로 xe폴더를 연동하는방법이 최선일거같네요

내부에 URL 이나 외부에 URL 이 연결되어있다면 다 꺠지겠지요.

그런경우는 rewrite 룰을 추가해서 

RewriteRule ^\/xe\/(.*) /$1 이런식으로 처리하면 될꺼같은데, 정확히 이 룰이 작동할지 어쩔지 모르겠네요 nginx 기준입니다.

초보분이면 딱히 다른 부분은 만지지 않았을 테니 먼저 테스트 서버에서 이동해보시고 문제가 나오면 수정해보세요.

아마도 사이트 기본 URL에 xe 부분까지 포함이 되어 설정되어있다면 그 부분을 바꿔줘야 겠죠.

DB부분은 걱정하지 않으셔도 될 듯 합니다.

cd xe

mv ./* ../

DB부분은 딱히 걱정 하지 않으셔도 되고 제일 앞 폴더로 지정후 경로를 수정하는방법이 제일 간단한 방법일듯합니다