저는 저체 서버에 xe를 이용한 홈페이지를 public_html 밑에 xe폴더를 만들어서 사용하고 있습니다.

어느 보안 전문가가 public_html 밑에 바로 설치하면 보안에 취약하다고 해서 그렇게 했는데 또 다른 서버 전문가 말을 들으니 xe 는 xe 폴더 밑이 아니라 바로 최상위 폴더 즉 public_html밑에 설치하는 게 낫다고 하더군요. 그래야 쉬운 설치나 모듈 설치에서 에러가 생기지 않을 가능성이 많다구요.
그래서 질문드립니다.
그 두가지 방식 중 어떤 것이 더 나은지요?
에러가 발생할 가능성과 보안성 등을 고려하여서 말이지요.
아님 별 상관이 없는 것인지 궁금합니다.