저도 초보라서 무식한방법으로 삭제방법을 알려드릴게요.

우선은 FTP상에서 파일을 삭제하셧지요? 하지만 숨김파일이라는것이 있습니다. 숨김파일 표시하기 옵션을 주신후에 몇몇 숨김파일들을 제거해주세요. file폴더가 삭제되지않는 이유도 여기에 있습니다. 보통   .  으로 시작되는 파일명을 가진 파일을 숨김파일로 인식합니다.

이후 웹호스팅을 받으신다면 해당웹호스팅의 웹mysql 관리페이지로 가셔서 해당 테이블들을 모두 삭제해 버리시면 될겁니다.

Ps. 호스팅을 받으시는 입장이시라면 해당 호스팅업체에 신청하셔도 삭제해드릴겁니다.

      그리고 초기에 들어 있던 파일들 예를들어 나야나 같은경우 /html 폴더와 같은 루트에 숨김파일이 3개 있으며 /html 폴더안에 몇몇파일들이 있는데 이런파일들은 삭제하지 않으시는게 좋습니다.