1. 관리자의 글은 비추천이 쌓여도 차단되지 않게 할 수 있을까요?
=> 해당 모듈을 고쳐야겠죠
     관리자라는 개념이 참 어렵습니다. 최고관리자 만을 일컫는거면 제법 간단한편인데
     게시판별 관리권한 있는 그룹이라는 의미면..  작업 난이도가 확 올라갈거예요

2.  aplos 보드를 사용중인데 게시글 선택 이동, 게시글 선택 카테고리 수정이 안됩니다 ㅠㅠ
=> 원칙적으로는 되어야정상입니다. 
     이건 스킨 오류일수도 있고,  내부의 다른 자료 오류일수도 있겠네요
     직므 상황만으로는 알 수가 없습니다.

3. 글 수정시 글 작성자가 관리자로 바뀌어버립니다. ㅠㅠㅠㅠㅠㅠ 이역시 aplos 보드 사용중입니다
=> 글 수정시 작성자 정보 변경은 Core 수정이 아니면 원칙적으로 변경이 불가능합니다 ( 스킨에서 가능한게 아니기에 )
     뭔가 사이트 내부에 다른 영향 주는 자료가 있거나.  스킨의 출력사항이 다른가보네요

4. 새로고침하면 메인 화면으로 나가는데 현재 있던 페이지 (게시판 등) 에서 새로고침 되게 할 수 없을까요?
=> Xe Core 그대로라면 새로고침시 유지됩니다
     새로고침시 변경된다면 아마도 iframe 을 썼거나, 
      frameset 을 나눴거나 했겠네요.  ( 도메인 변경 안 되고 유지되게 하고파 예전엔 종종 이런 형태를 썻기에 )
     관련 부분 찾아서 수정하셔야할거예요

6. 관리자 등급을 가진 사람들은 모두 그냥 닉네임이 뜨게 할 수는 없을까요?
=> 이건 익명기능 자체로는 구현이 안 되겠죠 
     스킨에서 일일이 고치거나,  아니면 별도 모듈을 이용해 관리자의 경우 익명이 아니라 원래 닉네임이 DB 에 들어가게 고치셔야할겁니다.  
     아니면 그냥 지금처럼 수동으로 member_srl 로 일일이 지정하시거나..


전체적으로 수정이 어려우신 사항들이 많을듯한데
그냥 제작의뢰 로 해서  이 현상들을 보완 작업해줄 XE 전문 제작자를 찾는게 더 나으실듯하네요