해도 됩니다.
xe 폴더를 통째로 올려서
기존의 웹은 http://기존도메인/ 이렇게 되고
xe설치된 곳으로 접속하려면 http://기존도메인/xe 이렇게 접속이 됩니다.
폴더이름 xe는 원하는 것으로 바꿔도 됩니다.

아니면 서브도메인을 만들어서 xe폴더없이 서브도메인에 파일들을 직접 올려서
http://서브도메인.기존도메인/ 이런식으로 해도 되겠죠