rewrite_mod 주소처리가 전부 다 안되실 겁니다.
소스상에서 처리부분에 약간 문제가 있습니다.

실제로의 소스상의 문제는아니고 array_keys() 이 함수가 제대로 기능 동작을 하지 않는 것도 같네요.

         // organize URL
        $query = '';
        if(count($get_vars)) {
            // if using rewrite mod
            if($self->allow_rewrite) {
                $var_keys = array_keys($get_vars);
                sort($var_keys); <- 여기
                $target   = implode('.', $var_keys);

                $act = $get_vars['act'];
                $vid = $get_vars['vid'];
                $mid = $get_vars['mid'];
                $key = $get_vars['key'];
                $srl = $get_vars['document_srl'];

해당 부분을 수정하세요.

만약 수정하는거 어려우신 분들은 첨부파일로 올릴테니 해당 위치에 덮어씌우시기 바랍니다.

xe/classes/context/ <-이곳에 파일에 덮어씌우세요.

첨부파일은 1.4.5.2 용이니 본인이 최신버전인지 아닌지 확인하시기 바랍니다.
Context.class.php.zip

ps : 코어에 적용되었습니다. 1.5.0 부터 될듯... 그리고 asort를 sort로써 적용했기 때문에 그것에 맞춰서 위 소스 수정과 첨부파일도 수정해서 다시 올립니다.