제로보드4를 사용중이신 것 같은데, 겉으로 봐서는 해결방안을 제시해드리기 어렵습니다.
이곳은 XE 관련 질문이 주류인지라, 질문을 올리셔도 답변이 잘 안 달릴 거에요.
정말 급하시면 제작의뢰를 맡기시는 게 좋을 것 같습니다.

관리자 페이지에서 확인해 보셔야 할 듯 합니다.

1. 검색이 되는 게시판과 안되는 게시판이 같은 스킨을 사용한건지..

  (파일이 깨졌다면, 모두 검색이 되지 않아야 정상이지요..)

2. 게시판의 설정상태가 같은지...