실행속도라기 보다는 읽어오는데서 오는 속도차이가 날수도 있습니다.
쉽게 설명하자면 한줄의 간단한 코드를 제일밑에 넣어두고 위에는 1메가 정도의 ^^; 주석을 처리했다고 생각하시면 쉽게 이해하실듯 합니다. 제일 밑에 1줄의 코드를 실행하기 위해서는 위에 1메가 분량의 주석을 읽어와야 아랫부분을 읽어 오게되겠죠..? ^^;

그러나 주석을 무식하게 몇메가 ^^; 다시는분들은 없으시겠죠..? 길어야 한두줄분량이므로 실행속도에 주는 영향이 미비하므로 크게 신경쓰시지 않으셔도 되실듯 합니다.

제가 아이쿠님 말씀대로 아주 간단한 프로그램에 주석을 1.1메가 정도 달아서 테스트해 보았습니다.
주석 달았을 때 0.000095초, 그렇지 않은 경우 0.000084초 정도였습니다.
0.000011초 가량 차이가 나더군요; 무시하시고 쓰시면 됩니다^^;