레이아웃 폴더 복사는 필요없구요... 님이 가지고 잇는 레이아웃 스킨의 테마색이 여러가지야겟죠....
레이아웃 관리에서 여러색상의 레이아웃을 생성....메뉴마다.. 골라 적용하면 끄읏.......

css를 적용하고 싶은데로 만들어 두시고, 여기에 바디백그란운드나 해드이미지 등 원하는 스타일을 가가 설정해주시고
레이아웃에 if구문 넣어주고, 게시판 레이아웃 설정에서 칼라셋을 다르게 준다는 뜻이죠.

예로, 예전에 올라왔던 Voesy스킨 레이아웃 상단 입니다.
<!-- js 파일 import -->
<!--%import("js/xe_official.js")-->

<!-- 레이아웃과 연동될 css 파일 import -->
<!--@if($layout_info->colorset == "01")-->
    <!--%import("css/01.css")-->
<!--@elseif($layout_info->colorset == "02")-->
    <!--%import("css/02.css")-->
<!--@elseif($layout_info->colorset == "03")-->
    <!--%import("css/03.css")-->
<!--@elseif($layout_info->colorset == "04")-->
    <!--%import("css/04.css")-->
<!--@elseif($layout_info->colorset == "05")-->
    <!--%import("css/05.css")-->
<!--@elseif($layout_info->colorset == "06")-->
    <!--%import("css/06.css")-->
<!--@else-->
    <!--%import("css/default.css")-->
<!--@end-->

<!--@if($layout_info->background_image)-->
<style type="text/css">
    body {  background-repeat:repeat; background-image:url({getUrl()}{$layout_info->background_image}); }      
</style>
<!--@end-->

<div id="bodyWrap">
<div id="topmenu">

흐흐, 이거는 그래도 쉬운데... 저는 CSS는 하난데 레이아웃이 각각이라 수많은 레이아웃스킨을 만들어서 각각설정했다는 노가다전설이 전해옵니다.