스킨이 여러개 시고 그 각각의 스킨마다 특정 모듈명에 따라서 특정 위치에 결과물이 나오시길 바라시는건가요??

특정 위치에 특정 결과물이 바뀐다는 그 내용이 각각의 스킨에 동일하게 적용할 것이라면

<!--#include("header.html")--> 이런 문을 써보는게 좋을 법하네요...
<!--#include("../../../특정경로/임시명.html")-->

그리고 그 html파일안에

<!--@if(Context:;get('특정모듈명'))-->
A
<!--@else-->
B
<!--@end-->

이런 내용으로 만들어 두시면 되겠네요.