제가 해당 레이아웃을 사용하지 않기에 지금 적는게 정확하다고는 장담할 수 없습니다만

보통 레이아웃 스킨을 만든다고 해도 div의 class명이나 id명은 잘 안바꾸니까 아마 지금 보시는 사이트 기준으로 설명해도 큰 무리는

없을 듯 합니다,

http://www.xpressengine.com/ 사이트 경우는 경계선을 

#body{ margin:0; padding-top:30px; background:url(/layouts/xe_official_v2/img/bgBody.gif) repeat-y 801px 0; z-index:1;}

라는 css를 이용해 만들었더군요.

위 css는 bgBody.gif라는 1px X 1px 짜리 이미지를 이용하여 가로 801px 세로 top에서 Y축으로 반복해서 죽 내린다는 이야기이며

원하시는 위치로 바꾸기 위해서는 가로 위치를 바꿔주시면 됩니다.

본 사이트 같은 경우는 e1부분의 넓이가 160px인지라

#body{ margin:0; padding-top:30px; background:url(/layouts/xe_official_v2/img/bgBody.gif) repeat-y 161px 0; z-index:1;}

이렇게 바꾸시면 될거 같습니다. 물론 사용하시는 레이아웃의 e1 넓이가 다르다면 

그거 기준으로 1px 더 더한값을 가로 위치로 잡으시면 됩니다.

하지만 그리 하신다고 하시더라도 header 부분의 이미지바가 우측에 e1이 자리잡을때 어울리는 이미지인지라 그 부분을 

수정한다 하더라도 검색창의 배치 전반적인 디자인 문제가 또 생기실 겁니다.

꼭 위치를 바꿔야 하는게 아니라면 본 레이아웃을 그냥 사용하시기를 권장해 드립니다.