어떤 모듈을 수정했는데 업데이트 한다면 당연히 수정한 부분은 덮어 쓰기 되겠죠.

뭔가 함수를 추가 하고 싶으시면 노출되지 않는 모듈을 하나 만들어서 추가하고 &getModel 혹은 &getController 같은 것으로 불러와서 사용하셔도 됩니다.

그런데 말씀하시는 것으로 보아 게시판의 설정 같은 기능을 원하시는 것 같은데, 스킨을 수정하면서 설정 을 삽입하시고 적절하게 불러와 사용하신다면 업데이트와 무관하게 스킨은 덮어 쓰기가 되지 않으므로 살아 있을 것입니다.