저와 비슷한 많은 분들이 이 문제로 고민중이신듯 합니다.
저도 이 문제도 약 두달간 골치 썪히다가 오늘 우연찮게 해결했네요.

워낙 다양한 설치환경이 존재하기 때문에 이 방법을 통해서 100% 해결할 수 있다는 장담은 못드립니다.
적어도 저의 경우 기존에 알려진 다양한 테스트를 해 보았지만 해결이 불가능했고,
이 방법을 통해서 해결가능했기에 근본적인 원인이라 생각하고 있을뿐입니다.

일단 결론부터 말씀드리면, 원인은 Mod_Security 가 설치되어 있어서 입니다.
Mod_Security 는 일종의 방화벽인데, 설치가 되어 있는 시스템도 있고 안되어 있는 시스템도 있어서 사람마다 편차가 있게 문제가 생겼었던것 같네요.
정보를 찾아보니 제로보드나 테터툴즈, 테크노트 등등에서도 파일업로드시 비슷한 문제가 생기는데, 원인은 동일한듯 합니다.

해결방법은 .htaccess 파일의 제일위에 아래 세줄을 추가 해주시면 될듯합니다.
SecFilterEngine Off
SecFilterScanPOST Off
SecFilterCheckURLEncoding Off

그럼 꼭 해결하시길...